PROJECT: Ce groupe représente les méchants de l'histoire. Dirigé par le mystérieux PROJECT:ZERO que personne ne dit avoir déjà rencontré, leur but est de transformer les humains en machine pour développer leurs potentiels. Malgré ce qu'ils disent, leurs desseins sont beaucoup plus noir et ils préparent une invasion mondiale. Leur véritable but, transformer tout le monde en machine pour gagner le contrôle sur le monde entier. Les PROJECT ont l'esprit manipulé par les programmes installés dans leur cerveaux et ne peuvent désobéir à ZERO.

PROGRAM: Les PROGRAM sont des machines crées entièrement de A à Z. Contrairement aux PROJECT qui eux sont des humains transformés en machine. Ils sont complètement soumis aux PROJECT.

G/NETIC: Subfaction des PROJECT, les G/NETIC tirent leur nom de leur leader. Ils ont réussi à s'émanciper de PROJECT:ZERO et veulent contrer ses plans de domination du monde.

HUNTER: Les HUNTER sont une autre faction qui ont réussi à complètement s'émanciper des tous les programmes installés par ZERO. Leur leader est A/DN. Ils ne croient pas que les G/NETIC aient réussi à enlever tous les programmes de contrôles de ZERO et pensent que celui-ci se sert d'eux. Ils veulent libéré le monde de tous les PROJECT (dont le G/NETIC) et les PROGRAM pour que le monde redevienne pur et entièrement humain. Et ceux, par n'importe quels moyens...